La primitiva Frascati sorge sui resti della villa di Caio Passieno Crispo e si estende sul pendio che nella parte più alta conserva i resti archeologici dell’antica città di Tuscolo. L’origine della città è documentata a partire dal IX secolo, ma essa ebbe un vero sviluppo soltanto dopo la distruzione di Tuscolo, avvenuta nel 1191. Alla fine del XIII sec. comunque la città di Frascati, o meglio il "castrum Fraschati", divenuto proprietà della Reverenda Camera Apostolica, acquista importanza al punto di diventare meta ambita di cardinali e dei loro familiari.

Il primo impianto urbano vero e proprio della città fu opera di Pio II Piccolomini (1458-64) che la cinse di mura dandole consistenza di quadrilatero fortificato, seguendo le teorie del momento sulla città ideale. Con Giulio II (1503-13) Frascati venne affidata a Marcantonio Colonna, saggio governatore che concesse il primo statuto nel 1515.

In seguito divenne proprietà della famiglia Farnese e Paolo III (1534-49), che nel 1538 aveva concesso a Frascati il titolo di civitas col nome di Tusculum Novum, dotò la città anche del primo piano urbanistico, progettato da Antonio da Sangallo il Giovane, mediante una ripartizione dell’abitato in tre rioni: S. Maria, S. Flavia, S. Pietro. E' un periodo di forte abbellimento di Frascati soprattutto con la sistemazione del nucleo centrale in prossimità del castello - l'attuale Palazzo vescovile - e con la costruzione della piazza superiore ancora oggi intitolata a Paolo III Farnese.

Dopo la pace di Cateau-Cambrésis del 1559, le grandi famiglie romane investirono in opere di grande prestigio sociale. Ancora oggi le ville di età rinascimentale e barocca: Falconieri, Aldobrandini (a lato), Rufinella, Lancellotti, Mondragone, Parisi, Muti, Grazioli, per citare le più famose, costituiscono un notevole polo attrattivo e un motivo di vanto per Frascati. Il ruolo della città sussidiario alle grandi ville ne determinò l’espansione a monte; così nel nuovo centro fu necessario erigere la maestosa cattedrale dedicata a S. Pietro, iniziata nel 1598 per sostituire la ormai troppo piccola chiesa di Santa Maria in Vivarium, rimasta ormai in posizione periferica insieme all’antico borgo rispetto al nuovo assetto urbanistico. Nelle vicinanze della nuova cattedrale, fin dal XVI secolo, sulla base dei programmi di Paolo III, fu stabilito il sito d’accoglienza del Seminario Gesuita; i Gesuiti con l’occasione procedettero ad ampliare una piccola cappella donata da Lucrezia della Rovere: l'attuale Chiesa del Gesù.

Dalla fine di questo secolo molti Papi soggiornarono a Frascati: si interessarono ai problemi della città e fecero a gara per abbellirla e dotarla di grandi opere. L'ultimo governatore fu Camillo Cibo, sotto il pontificato di Benedetto XIII (1724-30), che riconsegnò il centro alla Sacra Consulta e lo assegnò al card. Enrico Benedetto Stuart, duca di York (1725-1807), il quale, nominato Vescovo di Frascati nel 1761, fece notevole sfoggio di generosità e mecenatismo.

La città attraversò il periodo successivo prima sotto il dominio borbonico (1799) e poi, con il governo napoleonico, fu aggregata alla Sottoprefettura di Velletri per ritornare allo Stato Pontificio con il Congresso di Vienna nel 1815. Riprese il suo sviluppo soltanto nel 1847 con le riforme e la Costituzione concesse da Pio IX (1846-78) e nel 1856 con l'arrivo della ferrovia.

Frascati viene brutalmente coinvolta nelle vicende storiche alla fine del 1941 quando vi si installa il comando supremo Tedesco per il Mediterraneo. Come conseguenza di questo fatto, l’8 settembre 1943, proprio il giorno dell’armistizio, si compie il destino della città: 130 quadrimotori americani la radono al suolo, ma, con la ferma volontà dei suoi cittadini, essa è stata lentamente ricostruita, fino a riacquistare in modo decoroso il vecchio splendore.