Enrico, Benedetto, Maria, Clemente Stuart nasce a Roma il 5 marzo 1725, secondogenito del pretendente al trono d'Inghilterra Giacomo III e della principessa polacca Maria Clementina Sobiesky. Fu battezzato da Benedetto XIII (1724-30), del quale gli fu dato il secondo nome.

La dinastia cattolica inglese era stata detronizzata nel 1714 in seguito all'approvazione della "Bill of Rights", dichiarazione di diritti secondo cui nessun re cattolico o persona sposata ad un cattolico poteva più sedere sul trono d'Inghilterra e, nel 1717, Giacomo III aveva trovato accoglienza a Roma da parte di papa Clemente XI, dopo che Luigi XIV, re di Francia, gli aveva tolto il diritto di asilo.

Gli Stuart continuarono a lottare per la riconquista del trono, ma nel 1746, in seguito alla fallita spedizione a Culloden in Scozia, sia l'erede al trono Carlo Edoardo che suo fratello Enrico dovettero constatare che ogni altra possibilità di aiuti da parte delle potenze europee era da scartare e che le sorti della restaurazione cattolica sul trono d'Inghilterra erano ormai segnate.

Queste considerazioni e la vocazione alla vita religiosa che ormai da molto tempo sentiva nel suo intimo, incoraggiarono Enrico Stuart ad abbracciare la carriera ecclesiastica e, nel concistoro del 3 luglio 1747, Benedetto XIV (1740-58) lo nominò cardinale diacono con il titolo di Santa Maria in Campitelli, a soli 22 anni.

La notizia della sua elevazione a cardinale fu un grave colpo per Carlo Edoardo, che si sentì tradito anche dal padre, il quale aveva appoggiato, senza prima consultarlo, la decisione del fratello: questo aprì nella famiglia una grave frattura che durò per oltre vent'anni.

Nel 1748 venne ordinato sacerdote, nel 1751 divenne arciprete della Basilica Vaticana e, in seguito, Vice Cancelliere di Santa Romana Chiesa, Commendatario di San Lorenzo in Lucina e Prefetto della Fabbrica di San Pietro. Nel 1755 ottenne il titolo della chiesa dei SS. XII Apostoli (che lasciò quando divenne vescovo di Frascati) e la Commenda di Santa Maria in Portico. Nel 1758 Clemente XIII (1758-69) lo elesse arcivescovo di Corinto. Nel 1760 aggiunse agli altri titoli quello di Santa Maria in Trastevere, che mantenne anche quando passò alla diocesi suburbicaria di Frascati.

Ciò avvenne il 13 luglio 1761, allorquando, nominato Vescovo della Diocesi Tuscolana, il suo ingresso venne celebrato solennemente nella Cattedrale di Frascati il successivo 19 luglio. Per l'occasione il cardinale Enrico Benedetto duca di York, questo il nome che acquisì, fece dono di due ricchissime pianete in seta laminata, una rossa e l'altra bianca, ricamate in filo d'oro (foto a lato), che possono ancora essere ammirate nella cattedrale di San Pietro, alla quale elargì altri doni di notevole valore storico ed artistico, a dimostrazione del suo raffinato amore per l'arte e del suo rapporto con artisti ed artigiani del tempo. Si possono citare un prezioso tabernacolo per la comunione agli infermi, un tabernacolo di alabastro cesellato dal Cartoni a forma di tempietto, un ostensorio d'argento sbalzato e cesellato dal Pirolli, due statuette d'argento sbalzato raffiguranti gli apostoli Pietro e Paolo, alcuni piviali rossi e bianchi, sei candelabri fusi in bronzo e cesellati con il suo stemma, marmi pregiati per la cappella del SS. Crocifisso, una croce in bronzo affissa alla porta della Cattedrale durante il giubileo del 1775, un calice d'oro. Non si dimenticò neanche delle altre chiese della diocesi.

Dimorò a Frascati la maggior parte dell'anno e, quando era costretto a restare a Roma, non vedeva l'ora di ritornare alla sua Rocca. Spesso alla sua tavola sedevano personaggi di alta nobiltà.

Ricordare tutto quello che lo Stuart fece per Frascati e per la diocesi non è impresa facile. Già poco tempo dopo la presa di possesso, il Cardinale indisse le Sacre Visite - furono ben undici - le quali rappresentarono lo strumento fondamentale per conoscere da vicino i problemi della Diocesi e soprattutto per stabilire un dialogo diretto con sacerdoti e fedeli. Da esse si desume tutta una grande attività pastorale. Tenne due apprezzati sinodi: nel 1763, dato alle stampe, e nel 1766, anno in cui, il 2 gennaio, morì il padre Giacomo III ed il fratello Carlo, primogenito, divenne re d'Inghilterra.

 L'intero arco del mandato episcopale di Enrico Stuart fu costellato di innumerevoli attività benefiche, che assorbirono gran parte delle sue pur considerevoli rendite, in favore dei più poveri e nei confronti di Istituti di ordine sociale quali l'ospedale San Sebastiano Martire di Frascati, per il quale mantenne anche un carro con cavalli per il trasporto dei malati, il Monte di Pietà, il Monastero Diocesano di S. Flavia Domitilla, le parrocchie, il Conservatorio delle orfane povere, l'Eremo di Camaldoli, la congregazione della Dottrina Cristiana, affinchè tutte operassero sempre meglio per il bene della Comunità.

Tuttavia il suo principale intento fu quello di organizzare il Seminario Tuscolano (foto a lato) e questo fu possibile soltanto dal 1770 quando, a seguito della soppressione dell'Ordine dei Gesuiti, papa Clemente XIV (1769-74) sottopose di nuovo l'Istituto alle dirette dipendenze del Vescovo Tuscolano.

Da questo momento è un continuo succedersi di interventi e donazioni personali per dotare il Seminario dei servizi necessari ad una perfetta organizzazione della vita comunitaria: nuovi arredi, cucina, cameroni, un refettorio che fece decorare dal pittore-stuccatore Giovanni Angeloni di Frascati, una piccola cappella affrescata dal pittore polacco Taddeo Kuntze e perfino una moderna tipografia. In tutto spese oltre 100.000 scudi.

Non mancò di amministrare tre volte l'anno le ordinazioni sacerdotali, la Cresima in ogni località della diocesi, la predicazione della parola divina e pretese l'insegnamento del Catechismo anche nelle chiese rurali.

Nel 1773 consacrò la chiesa annessa al seminario, già dedicata da Clemente XIV a S. Gregorio Magno, con il nome di Chiesa del Gesù.

Il 31 gennaio 1788, dopo una vita di amarezze e umiliazioni, passata nel tentativo di riportare la sua casata sul trono d'Inghilterra, moriva a Roma il fratello Carlo Edoardo. La triste notizia prostrò moltissimo il cardinale duca.
I funerali si svolsero in forma solenne nella Cattedrale di Frascati e le spoglie del re Carlo furono tumulate nella Cattedrale stessa. Oggi vi restano solo i precordi, racchiusi in una piccola urna di piombo. La lapide di marmo che indica il luogo si trova su uno dei pilastri della navata di sinistra.

Dopo la morte del fratello, il Cardinale Vescovo di Frascati cominciò a sentire tutto il peso morale dell'eredità che gravava sulle sue spalle e ancora una volta rese pubblica la protesta con la quale reclamava il suo diritto di successione al trono d'Inghilterra con il nome di Enrico IX. Apportò cambiamenti sul suo stemma facendo togliere la mezzaluna e sotto il cappello cardinalizio fece sostituire la corona ducale con quella reale. All'interno del palazzo vescovile volle essere chiamato "Maestà" dalla sua corte, tuttavia alla fine optò per il titolo di duca di York.

L'occupazione francese dello Stato Pontificio nel 1798, lo costrinse a fuggire e a rifugiarsi prima a Napoli, poi a Venezia, dove ebbe notizia della morte di Pio VI (1775-99, avvenuta a Valence, prigioniero di Napoleone.

Quando, nel marzo del 1800, ebbe termine il conclave dell'Isola di San Giorgio, dove fu eletto papa Pio VII (1800-23), il cardinale duca fece ritorno nella sua diletta Diocesi di Frascati, dove fu accolto con grandi manifestazioni di gioia e di affetto. Ma i suoi impegni non erano finiti. Nonostante le fatiche per il lungo viaggio e le sofferenze dell'esilio, l'approssimarsi del ritorno a Roma del Papa lo costrinse a ritornare nella Capitale per predisporne l'accoglienza; per dimostrargli la sua gratitudine Pio VII gli fece visita a Frascati e gli concesse l'onore di farlo sedere accanto a lui sul cocchio pontificio, privilegio questo riservato soltanto ai re. Durante la visita alla Cattedrale, Carlo Emanuele IV di Sardegna si prostrò a baciare pubblicamente il piede del Papa.

Nel 1803 il cardinale divenne Decano del Sacro Collegio: sebbene per tradizione questo titolo comprendesse anche quello di Vescovo di Ostia e di Velletri, ricevette dal Papa il permesso di poter continuare ad abitare a Frascati nella rocca quattrocentesca, residenza ufficiale dei vescovi tuscolani, da lui restaurata nel 1775 ed abbellita da affreschi di Taddeo Kuntze.
Qui il 13 luglio del 1807 spirò serenamente. Ai suoi funerali, tuttavia, non si videro nè la corona nè lo scettro, come ai funerali del fratello, ma ai suoi piedi furono deposti la mitria e la Croce pastorale.

Il 16 luglio del 1807, tre giorni dopo la sua morte, anche le spoglie di Carlo Edoardo furono traslate a Roma dove riposano insieme a quelle del padre Giacomo III e del fratello Cardinale nelle Grotte Vaticane, in un bellissimo sarcofago di granito rosso sormontato dalla corona regale, commissionato, nel 1939, da re Giorgio VI d'Inghilterra.